Qui viene ritrovata dal dottore Hiroshi Agasa, che la porta nella sua abitazione e le da le cure necessarie; assieme a lui, Shiho comincia a crearsi una nuova vita da ragazzina di 7 anni, cambiando il proprio nome in
Ai Haibara, ed iscrivendosi nella stessa scuola e nella stessa classe di Conan Edogawa. Il loro primo incontro sarà insolito e completamente diverso dal normale: Ai infatti, ignorando i suggerimenti di Agasa e le cose da riferire a Conan, decide di spaventare il giovane detective, dicendogli la sua verà identità, ma tralasciando cosa era successo tra lei e il dottor Agasa. Alla fine però, Conan scopre grazie all'aiuto del dottore la verità dei fatti, e nonostante un'enorme difficoltà, decide di aiutare Ai nella sua fuga dall'Organizzazione, e nella sua ricerca ad un antidoto per l'Apotoxina.